le nouveau et l'ancien système sont sur quel partitions?
si comme je le suppose, l'ancien est sur le C: et le nouveau sur le D:, en formatant C: tu risque de ne plus pouvoir booter sur D:, le bootloader nécessaire au démarrage étant toujours actif sur C:
cela pouvant être corriger en restaurant le mbr http://www.otium-france.net/2010/01/04/astuce-restaurer-le-mbr-de-windows-7-depuis-le-dvd-ou-la-cl-usb-dinstallation/
de plus, ton installation de windows 7 n'est pas des plus optimale puisque pas en début de disque (moins rapide)