En tout cas, utiliser un logiciel proposant une très forte encryption. Par exemple PGP.
Sinon, installe chez toi un NAS Synology avec 2 petits disques en miroir + un firewall/routeur en mode "serveur VPN"; et un deuxième firewall/routeur dans le bureau en mode "client VPN" pour créer un tunnel entre les deux; puis configure ton logiciel de backup au bureau pour envoyer tes fichiers chez toi sur le NAS qui est vu comme un répertoire partagé.
Le VPN t'assure une sécurité maximale puisque toutes connexions autres que celles venant de ton bureau ou de chez toi sont rejetées.
Pour cela il faut des firewall/routeurs avec VPN actif, et non pas de simples routeurs contenant un module firewall SPI autorisant un VPN passthrough (ce qui constitue la vaste majorité des routeurs).
Le NAS avec disques: 300E
Les 2 firewall/routeurs VPN: 2 x 130E
Il est très difficile d'obtenir de bon firewall/routeurs VPN en france à ce tarif là. Il faudra peut-être aller voir aux pays-bas ou en angletaire.
HotBrick et Checkpoint sont 2 excellentes marques pro à des prix très abordables (130 à 300E au lieu de 3000 à 5000 chez les Netgear, HP et consors).