effectivement je ne suis pas non plus un adepte de nano -w, je préfère largement VI
Sinon ce que tu décris il est possible de le faire simplement avec emerge, qpkg, et quelques autres outils, par contre effectivement c'est en lign de commande.
Mais des gui arrivent pour ces outils (pour le moment surtout emerge).
Le seul point réellement obscur pour moi actuellement c'est la désinstallation de paquets avec dépendance plus utiles pour le système. Cela est possible mais de manière non automatique (à ma connaissance). En fait il faut s'assurer que les paquets ne sont plus nécessaires au système, là encore ce n'est qu'une question de ligne de commandes car c'est possible.
Mais je comprends et conçois que ce soit obscur et à améliorer, d'ailleurs sur les forums de gentoo c'est périodiquement sujet à discussions