f-l-o
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bonjour,
je dois rechercher au sein q'une séquence nucléique (une succession uniquement de A,T,G et C dans un ordre quelconque) une ORF (c'est une sequence particuliere qui pour le genome humain commence ATG et fini par l'un des trois codons stop TAA, TGA, TAG au milieu de ces borne on ne peut pas qu'un nombre entier de triplets de lettre).
une fois l'ORF ou les ORF trouvés dans mon code j'aimerai arriver à le(s) extraire du code complet et le(s) visualiser plus bas,
avant de la comparer avec une banque de donnés. mais je n'en suis pas encore là.
a amont j'ai fait en sorte de nettoyer mon code pour n'obtenir que des A,T,C,G et tous en majuscules.
/*pour trouver l'ORF*/
if(preg_match_all((^.*(TAG)(.{3})+(TAA|TAG|TGA)),$adn);{
echo "Le texte contient au moins une ORF";
}
else
{
echo "Le texte ne contient aucune ORF";
}
ou en utilisant
function=trouver_orf ($adn)
#ATG([ACGT]{3}(?(!T(?:AAlGAlAG)))+T?:AAlGAlAGl#';{
echo "Le texte contient au moins une ORF";
}
else
{
echo "Le texte ne contient aucune ORF";
}
est ce que ces codes peuvent permettre de retrouver ma sequence? Puis comment l'extraire ou les extraires afin de l'exploiter?
merci
je dois rechercher au sein q'une séquence nucléique (une succession uniquement de A,T,G et C dans un ordre quelconque) une ORF (c'est une sequence particuliere qui pour le genome humain commence ATG et fini par l'un des trois codons stop TAA, TGA, TAG au milieu de ces borne on ne peut pas qu'un nombre entier de triplets de lettre).
une fois l'ORF ou les ORF trouvés dans mon code j'aimerai arriver à le(s) extraire du code complet et le(s) visualiser plus bas,
avant de la comparer avec une banque de donnés. mais je n'en suis pas encore là.
a amont j'ai fait en sorte de nettoyer mon code pour n'obtenir que des A,T,C,G et tous en majuscules.
/*pour trouver l'ORF*/
if(preg_match_all((^.*(TAG)(.{3})+(TAA|TAG|TGA)),$adn);{
echo "Le texte contient au moins une ORF";
}
else
{
echo "Le texte ne contient aucune ORF";
}
ou en utilisant
function=trouver_orf ($adn)
#ATG([ACGT]{3}(?(!T(?:AAlGAlAG)))+T?:AAlGAlAGl#';{
echo "Le texte contient au moins une ORF";
}
else
{
echo "Le texte ne contient aucune ORF";
}
est ce que ces codes peuvent permettre de retrouver ma sequence? Puis comment l'extraire ou les extraires afin de l'exploiter?
merci
