+1 pour le clonage. Clonezilla peut te donner une bonne piste pour ce chantier.
De là, un clone est la solution la plus pérenne sachant qu'elle te donnera l'exacte image de tout le contenu, à savoir Windows, les fichiers, la configuration...
Tu devras ensuite faire le ménage plutôt qu'avant, sachant que tu pourrais être amené à regretter d'avoir supprimé, à tort, un fichier ou un programme par exemple.
L'idée? Clone d'abord, fais le ménage ensuite sur le nouveau disque, et en cas de remords tu pourras toujours reprendre ton ancien disque pour y piocher les fichiers perdus par inadvertance.