a priori si Windows te propose de formater c'est que ton système de fichiers a pris un coup derrière les oreilles.
Tu es bon pour passer par des outils de récupération.
Je laisse la place aux spécialistes pour t'en dire plus car les meilleurs de ces outils sont souvent sur des live CD à base de Linux.
Cela dit, une petite recherche via ton moteur favori avec "récupération système de fichiers" devrait t'aider un peu