simple : faut utiliser ssh, après ssh c'est un procotole réseau, faut installer un serveur sur le serveur et un client chez le client, faut configurer le tout et vérifier que ça marche. on peut pas décrire ça dans un simple post.
ensuite ton prog java doit soit utiliser une librairie qui permet de causer le ssh, soit directement appeller l'executable ssh avec les bon paramètres pour executer le script que tu veux.
et comme dit KangOl c'est une piste, il existe peut être un autre moyen.